日本中華總商会は社員總会の下に理事会を設置しています。また、さらにその下に執行理事会と評議員会を設けています。執行理事会は本会の日常業務執行と運営管理を担い、評議員会は、理事会への諮問・提言機関、在日華僑団体との連携協働の役割担っています。さらに、執行理事会の下には、各種事業活動における方針策定と実施指導を担当する専門委員会を設けています。東京本部のほかに、関西および新潟に地方分会を設置しています。本部事務局は、常設機関として、会の日常運営を行い、対外連絡などの窓口機能も担っています。

2024年4月1日現在

• 総務委員会 本会の円滑な運営と更なる発展のために、組織管理及びリソース活用、会員サービス事業などを担います。
• 財務委員会 予算編成、実施管理と監査を通して、本会の健全な財務運営を確保する役割を担います。
• 広報委員会 本会の対外広報とブランディングを担当し、本会内における情報伝達、情報共有の促進も担います。
• 渉外委員会 日本各界及び各国中華總商会との交流活動を通して、本会の影響力を高め、華商ネットワークを拡大する役割を担います。特に、本会が在日華僑華人経済団体の代表として世界華商大会顧問委員会に加盟しており、各国中華總商会などの華僑華人団体との交流窓口を維持することも渉外委員会の重要な役割となっています。
• 渉外中国委員会 中国の経済界及び各種政府機関との様々な交流活動を通して、本会と中国のビジネス協力関係の構築を担い、両国の経済発展を促進します。
• 例会委員会 月一回行う会員が集う定例会を企画実施する委員会。講演あって交流あり、会員間の絆を深める柱事業。
• 会員交流委員会 会員間の相互理解と交流を促進し、共存共栄を図るために、様々な会員向けの交流活動を定期的に計画・実施します。
• 青年委員会 次世代若手起業家や経営者を束ねる委員会。多方面の青年交流を通じて、成長すると共に会を継承、発展させる力となる。
• ビジネス開発委員会 会員向けに、ビジネスチャンスに繋がる活動を提供したり、会員間の業務提携を促進したりすることで、会員企業の競争力を強化し、発展を支えます。
• 会員増強委員会 本会のさらなる発展を促進し、会員の活動資源を強化するため、会員拡大業務を担います。
• 政策委員会 本会の組織体制の構築や編成、長期的なビジョン・戦略を策定することで、本会の持続的な発展を支えます。
• 特別プロジェクト
  委員会 本会における様々なプロジェクトの管理と推進を担当し、活動資源の開拓と協働ネットワークの拡大を通して、会員企業の発展を支えます。