日本中华总商会在会员大会（总会）下设有理事会，理事会下设有负责会的运营与管理的执行理事会，和对理事会提供咨询、建言的评议员会，并负责与在日华侨华人团体的合作事宜。执行理事会下设有负责各种事业活动的规划和实施的专门委员会。除了总商会东京本部外，还在关西和新泻设有地方分会。本部事务局作为常设机构负责会的日常运营等工作，还担负着对外联络的窗口功能。
- 总务委员会：负责本会组织管理、资源协调和会员服务等方面，确保总商会的正常运行和发展。
- 财务委员会：负责本会的预算制定、实施管理和监督审计，为本会的健康运营提供财务保障。
- 广报委员会：负责本会的对外宣传、提升总商会的品牌形象，同时促进内部信息的传递和沟通工作。
- 涉外委员会： 负责本会与日本各界、海外华商的交流活动，提升商会的影响力及扩大华商网络。
尤其是本会作为在日华商团体的代表加盟世界华商大会顾问委员会，维系与各国中华总商会等华侨团体的关系也是涉外委员会的重要功能之一。
- 中国委员会： 负责本会与中国商界和各级政府机构开展各种交流活动，促进商业合作和经济发展。
- 例会委员会： 企划并实施每月一次会员聚集的定期例会的委员会。这是有演讲有交流，增进会员纽带的核心事业。
- 会员交流委员会： 负责本会会员间各项定期交流活动的策划与实施，加深会员的相互理解和共同发展。
- 青年委员会： 凝聚年轻人企业家和经营者的委员会。通过展开各方面交流，共同成长，成为商会的后继者推动会的发展。
- 商务开发委员会： 负责推动会员的商务合作、为会员企业提供商业机会，促进其发展和增强竞争力。
- 会员增强委员会： 负责拓展和增强总商会的会员群体，提高总商会的影响力和加强资源基础建设。
- 分会连携委员会： 负责促进各地分会间的协作，加强分会与总商会之间的联系和互动，实现整体协同发展。
- 政策委员会： 负责本会的组织建设和愿景规划，制定长期策略，确保总商会的持续性发展。
