日本中華總商会は社員總会の下に理事会を設置しています。また、さらにその下に執行理事会と評議員会を設けています。執行理事会は本会の日常業務執行と運営管理を担い、評議員会は、理事会への諮問・提言機関、在日華僑団体との連携協働の役割担っています。さらに、執行理事会の下には、各種事業活動における方針策定と実施指導を担当する専門委員会を設けています。東京本部のほかに、関西および新潟に地方分会を設置しています。本部事務局は、常設機関として、会の日常運営を行い、対外連絡などの窓口機能も担っています。

2024年4月1日現在

• 総務委員会 本会の円滑な運営と更なる発展のために、組織管理及びリソース活用、会員サービス事業などを担います。
• 財務委員会 予算編成、実施管理と監査を通して、本会の健全な財務運営を確保する役割を担います。
• 広報委員会 本会の対外広報とブランディングを担当し、本会内における情報伝達、情報共有の促進も担います。
• 例会委員会 全会員が集う定例会を企画実施する委員会です。定例会は、内外講師の講演を通じて、会員の意識向上、そして、
  事業活動の報告で会の運営への理解を深め、多くの参画、参加を促し、会員同士の交流、ビジネスマッチングの活発化に繋げる場と位置付けています。
• 渉外委員会 日本の経済界及び各国中華總商会との交流活動を通して、本会の影響力を高め、華商ネットワークを構築維持する役割を担います。特に、本会が在日華僑華人経済団体の代表として世界華商大会顧問委員会に加盟しており、各国中華總商会などの華僑華人団体との交流窓口を維持することは渉外委員会の重要な役割となっています。
• 中国委員会 中国の経済界や各種政府機関、駐日大使館とのネットワークの構築と維持を担います。
• 聯誼委員会 中国現地で、経済界や政府、中国に拠点を置く日本の経済団体や企業と現地の会員企業との交流を促進します。
• 青年委員会 世界各国華商団体青年部、日本青年会議所、中国青年企業家团体とのネットワークの構築と維持、そして若手企業家を発掘する役割を担います。
• 会員交流委員会 会員間の相互理解と交流を促進し、共存共栄を図るために、様々な会員向けの交流活動を定期的に計画・実施します。
• 会員増強委員会（賛助） 主に賛助会員の拡大と活性化を目指します。
• 会員増強委員会（正・団体） 主に正会員、そして新たに日本の地方団体会員を拡大することを目指します。
• 次世代委員会 次世代経営塾の運営を通じて、次世代の若手起業家や経営者の交流と成長を支援します。
• 産業視察運営委員会 国内外で産業視察を実施します。
• 業種別部会運营委員会 各分科会を中心にイベントを開催することで、会員間のネットワークを活性化させ、より多くのビジネスチャンスを生み出します。
• 関西地区 関西分会との連携を強める役割を果たします
• 特別プロジェクト委員会 本会における様々なプロジェクトの管理と推進を担当し、活動資源の開拓と協働ネットワークの拡大を通して、会員企業の発展を支えます。
• 外部連携協議会 インバウンド協議会運営特別委員会とスタートアップ支援特別委員会を運営します。
• 政策委員会 本会の組織体制の構築や編成、長期的なビジョン・戦略を策定することで、本会の持続的な発展を支えます。

• 总务委员会 负责本会组织管理、资源协调和会员服务等方面，确保总商会的正常运行和发展。
• 财务委员会 负责本会的预算制定、实施管理和监督审计，为本会的健康运营提供财务保障。
• 广报委员会 负责本会的对外宣传、提升总商会的品牌形象，同时促进内部信息的传递和沟通工作。
• 例会委员会 企划并实施每月一次会员聚集的定期例会的委员会。这是有演讲有交流，增进会员纽带的核心事业。
• 涉外委员会 负责本会与日本各界、海外华商的交流活动，提升商会的影响力及扩大华商网络。
  尤其是本会作为在日华商团体的代表加盟世界华商大会顾问委员会，维系与各国中华总商会等华侨团体的关系也是涉外委员会的重要功能之一。
• 中国委员会 负责本会与中国商界和各级政府机构开展各种交流活动，促进商业合作和经济发展。
• 联谊委员会 促进会员企业与中国政治界，经济界以及设立在中国的日本经济团体之间的交流。
• 青年委员会 凝聚年轻人企业家和经营者的委员会。通过展开各方面交流，共同成长，成为商会的后继者推动会的发展。
• 会员交流委员会 负责本会会员间各项定期交流活动的策划与实施，加深会员的相互理解和共同发展。
• 会员增强委员会（赞助） 主要以扩大和激活赞助会员为目标。
• 会员增强委员会（正式会员・团体会员） 主要以扩大正式会员，并新增日本地方团体会员为目标。
• 次世代委员会 通过运营次世代经营塾，支持次世代年轻企业家和经营者的交流与成长。
• 产业考察运营委员会 在国内外组织商业考察活动。
• 各行业分会运营委员会 以各分科会为中心举办活动，活跃会员间的网络，并创造更多的商业机会。
• 关西地区 加强关西分会与总商会之间的联系和互动，实现整体协同发展
• 特别项目委员会 负责管理和推进总商会的各类项目，拓展资源和合作伙伴网络，提升会员企业的发展。
• 外部联络委员会 负责运营“入境旅游协议会特别委员会”和“创业支援特别委员会”。
• 政策委员会 负责本会的组织建设和愿景规划，制定长期策略，确保总商会的持续性发展。